Fiscalización y controversia en el uso de licencias médicas: El pulso entre la Contraloría y las cortes sobre la destitución de funcionarios

Un pulso judicial y administrativo que trasciende la inmediatez se ha desarrollado en Chile durante los últimos meses en torno al uso de licencias médicas por parte de funcionarios públicos y las sanciones disciplinarias que han derivado de ello. Desde 2023 hasta fines de 2025, la Contraloría General de la República (CGR), bajo la dirección de Dorothy Pérez, ha encabezado una fiscalización exhaustiva sobre la emisión y uso de licencias médicas, especialmente tras revelaciones de funcionarios que viajaron al extranjero durante periodos de reposo. Esta investigación ha desencadenado sumarios administrativos, destituciones y una ola de recursos judiciales que han puesto en jaque el criterio con que se evalúan estas conductas.

El origen del conflicto: fiscalización y destituciones

En 2023, la CGR detectó miles de casos donde funcionarios públicos hicieron uso de licencias médicas mientras realizaban viajes internacionales o actividades incompatibles con el reposo. Estas denuncias, acompañadas de evidencias fotográficas y reportes cruzados, motivaron la apertura de sumarios disciplinarios que en varios casos concluyeron en la destitución de los trabajadores involucrados.

La contralora Pérez ha defendido la labor del organismo como una defensa del derecho a la salud de los funcionarios honestos y una lucha contra el abuso sistemático que perjudicaba la eficiencia del Estado. En su discurso en el Encuentro Nacional de la Empresa (Enade) 2025, enfatizó que "no hicimos este trabajo en contra de los funcionarios públicos, sino por y para ellos", destacando que la disminución en la emisión de licencias médicas tras sus hallazgos es una señal de impacto positivo.

La respuesta judicial: fallos que muestran disonancia

Los tribunales de apelación han actuado como árbitros en esta disputa, con fallos que exhiben una pluralidad de criterios jurídicos y sociales. Por ejemplo, la Corte de Arica anuló la destitución de una técnica en atención de párvulos que viajó a Tacna, Perú, durante su licencia médica, argumentando que sus viajes tenían un propósito médico legítimo y que la destitución fue arbitraria al no considerar el contexto regional de movilidad transfronteriza para atención sanitaria.

En contraparte, la Corte de Concepción confirmó sanciones a una funcionaria del Serviu que viajó al extranjero durante licencia psiquiátrica, sosteniendo que infringió la prescripción médica y el principio de probidad administrativa.

La Corte de Valdivia, por otro lado, acogió el recurso de una funcionaria de Purranque que viajó a Argentina durante licencia por salud mental, destacando la ausencia de mala fe y la falta de claridad normativa vigente al momento de su viaje.

Finalmente, la Corte de Antofagasta respaldó la destitución de una trabajadora municipal que viajó a Tacna durante licencia médica, enfatizando el debido proceso y la proporcionalidad de la sanción.

Perspectivas en tensión: entre la legalidad, la ética y el contexto social

Estas decisiones judiciales reflejan un debate complejo y multidimensional:

- Desde la perspectiva jurídica, la clave está en determinar si existió mala fe en la obtención o uso de la licencia médica, si se respetó el debido proceso y si la sanción es proporcional a la falta.

- Desde el enfoque administrativo y político, la Contraloría busca disuadir el mal uso de recursos públicos y proteger a los funcionarios honestos, pero enfrenta limitaciones presupuestarias y de personal para fiscalizar exhaustivamente.

- Desde la mirada social y regional, se reconoce que en zonas fronterizas como Arica y Antofagasta, la movilidad transfronteriza para atención médica es una realidad que debe ponderarse en las evaluaciones.

- Desde el punto de vista de los propios funcionarios, algunos denuncian arbitrariedades, falta de claridad normativa y vulneraciones al debido proceso, mientras otros reconocen la necesidad de mayor control y transparencia.

Constataciones y consecuencias

Este conjunto de casos y fallos permite concluir varias verdades y desafíos:

1. El uso indebido de licencias médicas es un fenómeno real y con impacto en la administración pública, pero no puede abordarse con medidas arbitrarias ni sin considerar el contexto.

1. La justicia chilena se encuentra dividida en su interpretación, lo que genera incertidumbre jurídica y social sobre los límites de la conducta aceptable durante el reposo médico.

1. La falta de normativas claras y actualizadas, especialmente respecto a licencias psiquiátricas y movilidad transfronteriza, dificulta la aplicación uniforme de sanciones.

1. La Contraloría, pese a sus limitaciones presupuestarias y de recursos humanos, ha aumentado su productividad y su impacto, pero requiere mayor apoyo institucional para sostener y profundizar su labor.

1. La solución requiere un enfoque integral que involucre reformas legales, fortalecimiento de controles internos, capacitación a jefaturas y sensibilización social sobre la función pública y el uso responsable de licencias.

En definitiva, esta historia no es solo un enfrentamiento entre funcionarios y la Contraloría, ni un simple caso judicial. Es un espejo que refleja las tensiones entre confianza y control, derechos individuales y deberes colectivos, legalidad y justicia social en el Chile contemporáneo. Mientras se esperan los pronunciamientos definitivos de la Corte Suprema, queda claro que la discusión sobre licencias médicas y su regulación seguirá siendo un tema central para la gobernanza pública y la legitimidad institucional en los años venideros.

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Fuentes: Sentencias de las Cortes de Arica, Valdivia, Concepción y Antofagasta (2023-2025); discursos y reportajes de Contralora Dorothy Pérez en Enade 2025; análisis de académicos del Derecho Laboral; informes de Contraloría General de la República; cobertura periodística de La Tercera, Diario Financiero, Cooperativa y Radio Infinita.